生物信息学分析
- 马铃薯GA2ox家族基因响应赤霉素（GA）和低温胁迫表达分析
成员。生物信息学分析结果显示，StGA2ox家族基因分为C19和C20 2个家族，其中C19又分为2个亚族，13个StGA2ox基因不均匀得分布于8条染色体上，其中有5对共线性基因对，7号染色体上有3个基因形成1个串联重复基因簇。此外，StGA2ox启动子区域存在响应低温胁迫、植物激素等多种顺式作用元件。利用实时荧光定量PCR方法分析外源GA3和低温胁迫处理条件下StGA2ox表达模式，所有StGA2ox基因均能够被外源GA3诱导表达，其中StGA2ox2
江苏农业学报 2023年5期2023-09-19
- 艾草等10种精油植物单萜合成酶生物信息学分析
成酶；生物信息学分析中图分类号 Q 946文献标识码 A文章编号 0517-6611（2023）15-0088-05doi：10.3969/j.issn.0517-6611.2023.15.021Bioinformatics Analysis of Monoterpene Synthase in Ten Essential Oil Plants Including Artemisia argyiJING Bing-nian，WEI Lei，XIE Xiao
安徽农业科学 2023年15期2023-08-26
- 灰毡毛忍冬与忍冬HQT2基因的克隆及表达分析
列进行生物信息学分析；利用实时荧光定量PCR技术（qRT-PCR）分别测定灰毡毛忍冬与忍冬茎、叶及不同花期花中相关基因的相对表达量；采用HPLC 测定绿原酸含量并结合表达量做相关性分析。结果 克隆得到LmHQT2（MH196564）和LjHQT2（MK294639），其开放阅读框长度均为1 296 bp，编码431个氨基酸，生物信息学分析预测为亲水性蛋白，可能定位于细胞质中，属于氯霉素乙酰转移酶样结构域超家族；qRT-PCR结果显示，HQT2基因具有组织特
湖南中医药大学学报 2023年7期2023-08-14
- 芋淀粉分支酶（SBE）基因的鉴定、生物信息学及表达分析
支酶；生物信息学分析；表达分析中图分类号：S632.3 文献标识码：A淀粉是高等植物主要的储存多糖，由直链淀粉和支链淀粉构成，是人们日常饮食中碳水化合物的主要来源[1-2]。淀粉通常存在于谷类作物和块茎类作物中， 如水稻（ Oryza sativa ） 、小麦（Triticum aestivum）、玉米（Zea mays）、马铃薯（Solanum tuberosum）、木薯（Manihot esculenta）和芋（Colocasia esculenta）
热带作物学报 2023年7期2023-08-14
- 鼠源Desmin基因克隆表达及其生物信息学分析
白进行生物信息学分析。【结果】鼠源Desmin基因长1410 bp，选用pGEX-4T-1载体和pcDNA3.0载体分别成功构建了原核表达载体pGEX-4T-1-Desmin-Flag和真核表达载体pcDNA3.0-Desmin-Flag。原核表达载体pGEX-4T-1-Desmin-Flag转化大肠杆菌后经IPTG诱导，成功表达出70 kD的融合蛋白Desmin-Flag；真核表达载体pcDNA3.0-Desmin-Flag转染BHK-21细胞，通过We
南方农业学报 2023年2期2023-07-22
- 早发型子痫前期及晚发型子痫前期关键基因鉴定及功能聚类
通过生物信息学分析出与子痫前期可能相关的重要基因，可以进一步对这些基因在子痫前期的功能进行验证。关键词：早发型子痫前期，晚发型子痫前期，生物信息学分析子痫前期（PE）是孕产妇及围产期发病及致死的主要病症之一。据统计，全球大约每年有50000～60000起子痫前期相关的死亡案例[1]。在子痫前期病例中，胎儿和母亲都面临较差的预后及未来长期高危的心血管疾病和代谢疾病[2～3]。目前研究将子痫前期主要分为早发型子痫前期（EOPE）和晚发型子痫前期（LOPE）。
健康之家 2023年10期2023-06-30
- 基于高通量测序的建兰转录组信息分析
录组；生物信息学分析；功能注释中图分类号：S 682.31 文献标志码：A 文章编号：0253-2301（2023）03-0001-08DOI： 10.13651/j.cnki.fjnykj.2023.03.001Abstract： In order to obtain the transcriptome group information of Cymbidium ensifolium， the transcriptome sequencing，
福建农业科技 2023年3期2023-06-15
- 猴樟CbMYB308转录因子基因克隆及生物信息学分析
，进行生物信息学分析。结果表明，克隆得到的序列具有1个942 bp完整的ORF框，编码313个氨基酸，与沉水樟中收录的RWR91885.1基因序列一致性达97.29%，系统进化树的结果表明，猴樟CbMYB308蛋白具有较高的保守性；猴樟CbMYB308蛋白生物信息学分析结果表明，CbMYB308蛋白具有PLN03091家族结构域，为R2R3-MYB型转录因子，CbMYB308蛋白化学分子式为C1496H2356N432O489S11，相对分子量34.57
安徽农学通报 2023年3期2023-05-30
- 陆地棉膜结合脂肪酸去饱和酶基因家族的全基因组鉴定及表达分析
鉴定；生物信息学分析；基因表达；干旱和盐胁迫；褪黑素脂肪酸去饱和酶（fatty acid desaturase，FAD）能够在脂肪酸链的特定位置引入双键，是产生不饱和脂肪酸的关键酶。植物中的不饱和脂肪酸主要包括油酸、亚油酸、亚麻酸和花生四烯酸等，不仅是储藏油脂的重要组分，还是植物细胞膜脂的主要成分。FAD包括FAD2、FAD3、FAD4、FAD5、FAD6、FAD7禾口FAD8，其中FAD2和FAD6为-6（也称A12）去饱和酶，能够在油酸脂肪酸链的A12
山东农业科学 2023年4期2023-05-27
- 心房颤动患者人成纤维细胞的单细胞RNA序列的生物信息学分析
利用生物信息学分析，鉴定出FN1、TIMP1、LAMB1、FBN1、C3、VCAN在内的基因及黏着斑、细胞外基质-受體相互作用、磷脂酰肌醇3激酶-蛋白酶信号通路和转化生长因子-β信号通路可能是AF诱导的人心房成纤维细胞促纤维化重塑的重要分子机制。[关键词] 心房颤动；单细胞RNA序列；人心房成纤维细胞；生物信息学分析[中图分类号] R541.7 [文献标识码] A [DOI] 10.3969/j.issn.1673-9701.2023
中国现代医生 2023年9期2023-05-26
- 猴樟CbP5CR基因克隆及生物信息学分析
，进行生物信息学分析。结果表明，克隆得到的序列具有一个810 bp完整的ORF框，编码269个氨基酸，与沉水樟中收录的RWR74447.1基因序列一致性达98.88%，系统进化树的结果表明，猴樟CbP5CR蛋白具有较高的保守性；猴樟CbP5CR蛋白生物信息学分析结果表明，CbP5CR蛋白具有PLN02688家族结构域，CbP5CR蛋白化学分子式为C1242H2015N345O375S7，相对分子量28.01 kD，理论等电点7.03，结构稳定，不存在氨基酸
安徽农学通报 2023年4期2023-05-18
- 基于转录组的番荔枝ARF基因家族鉴定及其在花发育中的表达分析
因子；生物信息学分析；花发育；表达分析中图分类号：S667.9 文献标识码：A番荔枝（Annona squamosa L.），也称为释迦果，属番荔枝科植物，是热带、亚热带地区的著名水果，分布于福建、广西、广东、海南、云南等地[1]。由于番荔枝的叶柄抱嵌着叶芽，所以叶片不脱落，叶芽则无法萌发[2-3]。番荔枝的花具有雌雄异熟且雌蕊先熟的特点，常常出现花发育异常和畸形花现象，导致“花而不实”、结果率低等问题，从而限制了番荔枝产业的发展[4-6]。生长素响应因子
热带作物学报 2023年4期2023-05-16
- 亚麻FAD基因家族的生物信息学鉴定分析
家族；生物信息学分析中图分类号：S565.9 文献标志码：A 文章编号：2097-2172（2023）03-0246-08doi：10.3969/j.issn.2097-2172.2023.03.011Abstract： Unsaturated fatty acids provide the human body with the energy necessary for basic metabo
甘肃农业科技 2023年3期2023-04-20
- 白菜bZIP转录因子基因家族应答春化反应关键基因表达分析
，通过生物信息学分析技术，鉴定全基因组的 BrbZIP 基因家族成员，并对其染色体分布、进化关系、表达模式及其应答春化反应等进行了分析。白菜bZIP转录因子基因家族共有118个成员，在染色体上不均等分布。白菜组织转录组分析结果显示，大部分 BrbZIP 基因在根、茎、叶、花及荚中均有较高的表达丰度，且具有组织表达特异性;春化反应转录组、荧光定量PCR及相关基因互作网络分析结果表明，白菜 bZIP 基因家族中应答春化反应相关基因上调与下调表达基因数量差异不大
江苏农业学报 2022年3期2022-07-16
- 陆川猪CSRP3基因克隆及其组织表达差异分析
克隆;生物信息学分析中图分类号： S828.89 文献标志码： A 文章编号：2095-1191（2022）04-0977-08Cloning and differential expression analysis of CSRP3 genein Luchuan pigCHEN Yun1， PAN Peng-cheng2， CHEN Zhao2， JIANG Chang-jin1， GUAN Zhi-hui2，CHE
南方农业学报 2022年4期2022-07-14
- 小麦肉桂醇脱氢酶基因（TaCAD1）全长cDNA序列及生物信息学分析
列进行生物信息学分析。结果表明：TaCAD1基因cDNA序列全长1311bp，包含1个长度为1083bp的开放阅读框（ORF），编码360个氨基酸。TaCAD1蛋白等电点（pI）为5.74，分子量为38625.45 Da，其不穩定系数为23.91，属于稳定蛋白质。推导的TaCAD1蛋白为疏水性蛋白，不存在跨膜区，可能位于细胞质内，该蛋白的二级结构元件主要为无规卷曲。TaCAD1蛋白在进化过程中较为保守，与节节麦、大麦、高羊茅、黑麦草、短花药野生稻CAD蛋白
安徽农学通报 2022年11期2022-07-13
- 马尾松R2R3-MYB基因特征及进化和表达分析
B， 生物信息学分析， 非生物胁迫， 基因表达中图分类号： Q943文献标识码： A文章编号： 1000-3142（2022）04-0580-15Characteristics， evolutionary and expression analysis of R2R3-MYB genes in Pinus massonianaSUN Shuang HU Ying LU Jingyu YANG Zhangqi CHEN Hu（ 1. Engineer
广西植物 2022年4期2022-05-13
- 玉米ZmMYB2基因的克隆及表达分析
并进行生物信息学分析，探究该基因在胁迫条件下的表达。该基因开放阅读框长1233bp，编码410个氨基酸，具有多个MYB转录因子结合位点，为MYB转录因子。经生物信息学分析推测ZmMYB2蛋白分子量为46.08kDa，等电点为6.38，属于亲水性酸性非分泌蛋白，具有2个MYB保守结构域，定位在细胞核内，与高粱、南荻的亲缘关系较近。qRT-PCR结果表明，该基因在玉米叶片中的表达量最高，具有组织特异性，且能响应干旱和盐等非生物胁迫。初步判断该基因对玉米的非生物
山东农业科学 2022年3期2022-04-27
- 绵羊KCNH1基因的生物信息学分析
其进行生物信息学分析，以初步了解其结构和生物学功能。结果表明，绵羊KCNH1基因所含最大长度序列为2 961 bp，且编码986个氨基酸残基。KCNH1基因编码的蛋白质分子式为C4972H7816N1342O1447S40，其蛋白分子质量为110 827.28 KDa，理论等电点（pI）为7.52。亚细胞定位结果表明其编码产物主要可能定位于质膜（43.5%），其次为内质网 （34.8%），属于非分泌蛋白。KCNH1蛋白质中不存在信号肽序列，但存在5段跨膜结
甘肃农业科技 2022年3期2022-04-18
- 绵羊HMGA1基因的生物信息学分析
进行了生物信息学分析。结果显示，绵羊HMGA1基因编码152个氨基酸残基，其编码的蛋白质分子式为C443H759N151O151S1，分子质量为10.648 35 kDa，等电点pI为10.31。绵羊HMGA1蛋白为不稳定蛋白、亲水性蛋白、非分泌蛋白且无信号肽序列和跨膜结构;亚细胞定位主要存在于细胞核（95.7%）。绵羊与牛的HMGA1蛋白相似度为100%。其二级结构和三级结构主要以无规卷曲组成。关键词：绵羊;HMGA1基因;生物信息学分析中图分类号：S8
甘肃农业科技 2022年2期2022-03-23
- 香石竹DcSKP1基因克隆及表达分析
裂， 生物信息学分析， 基因表达分析中图分类号： Q943文献标识码： A文章编号： 1000-3142（2022）02-0286-08Clone and expression analysis of DcSKP1 in Dianthus caryophyllusZHOU Xuhong1，2， ZHAO Xueyan3， YANG Xiaomi2， WU Xuewei3， QU Suping1*（ 1. Flower Research Institu
广西植物 2022年2期2022-03-16
- ７个桑树ＡＰ２／ＥＲＦ转录因子的生物信息学及表达分析
F7。生物信息学分析结果表明，这7个AP2/ERF蛋白都属于不稳定蛋白，且均属于亲水性蛋白，二级结构以无规则卷曲为主，亚细胞定位显示主要位于细胞核中。氨基酸序列比对及进化树分析发现，这7个AP2/ERF转录因子均含有1个保守AP2结构域，其中MnAP2/ERF1～MnAP2/ERF4属于ERF亚家族，MnAP2/ERF5～MnAP2/ERF7属于DREB亚家族。荧光定量分析显示，NaCl、PEG6000、水淹胁迫可诱导7个桑树AP2/ERF基因上调表达，其
山东农业科学 2022年1期2022-03-01
- 黄独赤霉素受体基因DbGID1s克隆及生物信息学分析
克隆;生物信息学分析中图分类号： S567.239 文献标志码： A 文章编号：2095-1191（2021）08-2053-08Cloning and bioinformatics analysis of gibberellin insensitive dwarf1 gene DbGID1s in Dioscorea bulbiferasTANG Wen-fang， XU Sheng-sheng， LO
南方农业学报 2021年8期2021-12-15
- 基于BSR-Seq对甘蔗脱叶性的研究和生物信息学分析
脱叶;生物信息学分析中图分类号：S566.1 文献标识码：ABioinformatic Analysis and Identification of Genes Contributing to Sugarcane Defoliation via BSR-SeqYUE Qu1， SHANG Heyang1， ZHANG Pin2， CHEN Baoshan1，3*， HUANG Youzong1，3*1. College of Agricultur
热带作物学报 2021年10期2021-12-08
- 3个澳洲坚果MYB蛋白靶基因的克隆与生物信息学分析
并利用生物信息学分析这些基因编码蛋白质的同源性、系统进化、理化性质、亚细胞定位、跨膜域和信号肽。【结果】获得了3个新的澳洲坚果MYB蛋白靶基因MiTOM1、MiTOM2和MiTOM3，GenBank登录号分别为MT319120、MT319121和MT319122。MiTOM1、MiTOM2和MiTOM3都包含典型结构域VHS-ENTH-ANTH，与其它植物来源的TOM蛋白具有极高的序列相似度，与荷花TOM蛋白（XP_010260421.1、XP_01024
农业研究与应用 2021年4期2021-11-12
- 中华猕猴桃WOX转录因子的生物信息学分析
详细的生物信息学分析。结果表明：（1）中华猕猴WOX转录因子的所有蛋白成员的氨基酸数目在138～371之间，分子量为16.222～42.185 kD，均定位于细胞核的不稳定亲水蛋白。（2）中华猕猴桃的16个WOX蛋白成员均属于Homodomain超家族，仅Achn362451是分泌蛋白，且仅Achn362451和Achn141001具有跨膜区。（3）大部分WOX蛋白成员的潜在磷酸化位点都位于丝氨酸处。（4）其二级结构主要以无规则卷曲为主，其次为α-螺旋。（
广西植物 2021年9期2021-10-16
- 番茄?拟南芥 PREs 及水稻 ILIs 基因生物信息学分析
Es;生物信息学分析中图分类号 Q 812 文献标识码 A文章编号 0517-6611（2021）18-0099-06doi：10.3969/j.issn.0517-6611.2021.18.025开放科学（资源服务）标识码（OSID）：Bioinformatics Analysis of Tomato，Arabidopsis PREs and Rice ILIs GenesGUO Peng-yu，YANG Zhi-jie （Bioengineering
安徽农业科学 2021年18期2021-09-27
- 香蕉TGA转录因子家族的鉴定及枯萎病菌胁迫下的表达分析
员进行生物信息学分析。共鉴定得到9个香蕉TGA家族成员，分别命名为MaTGA1～MaTGA9;香蕉TGA家族蛋白富含酸性氨基酸，大部分蛋白以α螺旋为主;亚细胞定位主要在细胞核内。进化树分析表明，香蕉MaTGA转录因子家族的9个成员可分为Class Ⅰ和Class Ⅱ两类，基因结构及功能结构域的分布情况也呈现出高度一致。进一步通过RT-qPCR分析发现，MaTGA2、MaTGA3和MaTGA8在香蕉枯萎病菌侵染后的‘威廉斯（易感病）及‘南天黄（抗病）中均显著
热带作物学报 2021年8期2021-09-14
- 小麦NPR1基因家族鉴定及其表达分析
鉴定;生物信息学分析;表达分析中图分类号： S512.103.53 文献标志码： A 文章编号：2095-1191（2021）09-2339-11Genome-wide identification and expression analysis ofwheat NPR1 gene familyLI Ya-qian1，2， WANG Lin1，2， SONG Jing-han1，2， NIU Hong-li
南方农业学报 2021年9期2021-09-13
- 一株具有滑行能力的革兰氏阴性细菌的遗传操作体系构建
成酶;生物信息学分析;接合转移 微生物来源的天然药物及其衍生物在对抗微生物感染中占据着很大的比例1。微生物在长期进化中保留下来的抗生素具有很强的靶位点特异性和很高的生物活性2。近年来，抗生素的普遍使用在全球范围内导致一些具有抗生素抗药性的人类致病菌的产生，给临床治疗带来了新的挑战3。而新批准的抗生素大部分具有与原有抗生素相似的骨架结构，极易造成靶向致病菌再次培育完善的抗药机制以及抗生素的二次失效。较有名的实例包括ceftobiprole、daptomy
客联 2021年5期2021-09-10
- 罗氏沼虾淀粉酶基因克隆及其表达规律分析
件进行生物信息学分析，应用实时荧光定量PCR检测AMY基因在罗氏沼虾不同组织（腹神经节、胃、心脏、鳃组织、性腺、肝胰腺、肌肉和肠道）中的表达情况，并明确其在生长快速家系（FG）和生长慢速家系（SG）个体肌肉中的表达模式。【结果】罗氏沼虾AMY基因CDS序列全长2121 bp，共编码706个氨基酸残基;其编码蛋白分子量为76.87 kD，理论等电点（pI）为4.63，属于不稳定的亲水性蛋白，包含2个典型的淀粉酶结构域;在罗氏沼虾AMY蛋白二级结构中，α-螺旋
南方农业学报 2021年5期2021-09-08
- 樱桃查尔酮合成酶獵pCHS2基因的克隆及序列分析
克隆;生物信息学分析中图分类号：S662.5文献标识码：A文章编号：1008-0457（2021）03-0001-06国际DOI编码：10.15958/j.cnki.sdnyswxb.2021.03.001Cloning and Sequence Analysis of CpCHS2 Gene in Cerasus PseudocerasusLI Xiaorong，QIAO Guang*，JIANG Yuwen（College of Life Scienc
山地农业生物学报 2021年3期2021-09-05
- 三七PnAAE41基因的克隆、表达分析及原核表达
成酶;生物信息学分析;时空表达;原核表达中图分类号：S567.23+6 文献标识码：AClone and Prokaryotic Expression Analysis of Acyl-activating Enzyme Gene from Panax notoginsengYAN Jing1，2，3， XIANG Guisheng1，2， FENG Lei1，2，3， YANG Mei3， GUO Min3， ZHANG Guanghui1，2
热带作物学报 2021年7期2021-08-26
- 菠萝NAC转录因子基因AcoNAC1生物信息学及表达分析
分析。生物信息学分析表明，该基因cDNA序列全长1723 bp，ORF为1062 bp，编码353个氨基酸，相对分子量为38.34 kDa，理论等电点为8.88;其编码蛋白的二级结构由20.40%的α-螺旋（H）和15.30%的β-折叠（E）以及59.21%的无规则卷曲（C）组成，具有NAC典型结构保守域。基因表达分析表明，AcoNAC1基因的表达受低温和干旱胁迫诱导，低温胁迫24 h和干旱胁迫12 h时的表达量最高;在不同成熟期品种中表现出持续的诱导表达
热带作物学报 2021年2期2021-08-06
- 隆林山羊CIDEc基因的克隆及组织表达分析
件进行生物信息学分析，并利用实时荧光定量PCR检测CIDEc基因在隆林山羊和努比亚山羊不同组织器官中的表达情况。【结果】隆林山羊CIDEc基因CDS序列全长为741 bp，共编码244个氨基酸残基，其编码蛋白分子量26.09 kD，不稳定系数48.44，脂肪指数100.7，理论等电点（pI）5.28，属于酸性蛋白，不存在跨膜结构，亲水性较强。隆林山羊CIDEc基因CDS序列与NCBI已公布的山羊CIDEc基因（XM_018038446.1）CDS序列相对比
南方农业学报 2021年4期2021-08-03
- 番茄匍柄霉SlCmr1基因克隆及其敲除载体的构建
白进行生物信息学分析。利用SlCmr1基因上、下游1100 bp左右的序列设计引物，分别PCR扩增SlCmr1基因的上、下游片段，通过酶切连接的方法将SlCmr1基因的上、下游序列分别插入载体pCX62，构建SlCmr1基因敲除载体。【结果】SlCmr1基因的DNA全长为3275 bp，CDS长度为3018 bp，有3个内含子，编码蛋白序列全长1005 aa，分子式为C4882H7642N1404O1499S61，分子量为111.94 kD，理论等电点为（
南方农业学报 2021年4期2021-08-03
- 茶树CsMAPKK3基因克隆及表达分析
其进行生物信息学分析，并采用实时荧光定量PCR（qRT-PCR）检测其在不同组织及逆境胁迫下的表达情况。【结果】克隆获得的CsMAPKK3基因（GenBank登录号：AUD40506.1）cDNA序列全长1941 bp，包含完整开放阅读框（ORF），长度为1557 bp，编码518个氨基酸残基，蛋白相对分子量为57.52 kD，理论等电点（pI）为5.39，为无跨膜螺旋结构和信号肽的不稳定蛋白，含有多个磷酸化位点，定位于细胞质和细胞核中，属于PKc类型的M
南方农业学报 2021年3期2021-08-02
- 茶树CsMAPKK3基因克隆及表达分析
其进行生物信息学分析，并采用实时荧光定量PCR（qRT-PCR）检测其在不同组织及逆境胁迫下的表达情况。【结果】克隆获得的CsMAPKK3基因（GenBank登录号：AUD40506.1）cDNA序列全长1941 bp，包含完整开放阅读框（ORF），长度为1557 bp，编码518个氨基酸残基，蛋白相对分子量为57.52 kD，理论等电点（pI）为5.39，为无跨膜螺旋结构和信号肽的不稳定蛋白，含有多个磷酸化位点，定位于细胞质和细胞核中，属于PKc类型的M
南方农业学报 2021年3期2021-08-02
- 甘蔗丙二烯氧化物环化酶基因（ScAOC）的克隆与表达分析
Da。生物信息学分析结果显示，ScAOC蛋白属于不稳定碱性亲水蛋白，含有1个Allene_ox_cyc Superfamily的PLN02343 domain的保守结构域;构建系统进化树，结果显示ScAOC蛋白与高粱的蛋白具有较高的同源性。荧光定量PCR结果显示，ScAOC基因在甘蔗的根、茎、叶中均有表达，表达量从高到低依次是叶、根、茎。在PEG、NaCl及外源MeJA胁迫下，ScAOC基因相对表达量都是先上升后下降，而ABA对ScAOC的表达有一定的抑制
热带作物学报 2021年5期2021-07-20
- 罗布麻CesA基因家族的生物信息学分析
文通过生物信息学分析方法，从基因家族鉴定、结构分析、蛋白理化性质与多级结构预测、亚细胞定位、信号肽、进化关系和顺式作用元件等方面，对罗布麻CesA基因家族进行系统鉴定和分子特征分析。结果表明：基于全基因组测序，罗布麻CesA基因家族鉴定含有15个成员，分布在罗布麻11条染色体中的8条上，其编码蛋白的氨基酸数量为730～1 158，相对分子质量81 280.81～130 123.18 kDa，理论等电点6.18～8.83。除了AvCesA3、AvCesA5、
广西植物 2021年4期2021-06-29
- 太子参谷胱甘肽S转移酶基因家族生物信息学及表达分析
族， 生物信息学分析， 表达分析中图分类号： Q941文献标识码： A文章编号： 1000-3142（2021）04-0535-11Abstract： GSTs （glutathione-S-transferases） is a multi-functional protease commonly existing in plants and encoded by multi-gene family. In order to study the poten
广西植物 2021年4期2021-06-29
- SMARCAD1对胃癌患者的预后价值及其功能的生物信息学分析
：利用生物信息学分析SMARCAD1与胃癌患者预后之间的关系，并预测其是否参与胃癌的发生发展及其所涉及的功能。方法：从GEO数据库中下载表达谱基因芯片数据GSE84437（包含433例胃癌样本），利用R编程软件分析绘制患者的生存曲线并筛选出SMARCAD1差异表达的样本，获得其中差异表达基因且绘制出聚类分析热图和火山图;利用METASCAPE进行GO功能富集;利用STRING构建目的基因蛋白互作网络。结果：通过R编程软件分析高表达SMARCAD1的患者总体
中国典型病例大全 2021年3期2021-04-23
- 苦荞FtCAD-1和FtCAD-2基因克隆及组织表达分析
列进行生物信息学分析，并利用实时荧光定量PCR（qRT-PCR）检测CAD基因在不同果壳厚度类型（厚果壳苦荞和薄果壳苦荞）不同组织的表达情况。【结果】从薄果壳苦荞和厚果壳苦荞中均克隆获得2条苦荞CAD基因，且这2条基因序列在薄果壳苦荞与厚果壳苦荞中均完全一致，命名为FtCAD-1和FtCAD-2。FtCAD-1基因的开放阅读框（ORF）长度为876 bp，编码291个氨基酸残基，为疏水性的稳定酸性蛋白，定位于细胞核和细胞质;FtCAD-2基因的ORF长度为
南方农业学报 2021年12期2021-04-15
- 卵形鲳JunB基因克隆及其胚胎组织表达分析
件进行生物信息学分析，并采用荧光定量PCR检测ToJunB基因在卵形鲳鲹17个胚胎发育时期（受精卵、2-细胞期、8-细胞期、16-细胞期、32-细胞期、64-细胞期、多细胞期、高囊胚期、原肠早期、原肠中期、原肠末期、胚胎形成期、眼囊期、耳囊期、心脏跳动期、晶体出现期和初孵仔期）的表达情况。【结果】克隆获得的ToJunB基因（1777 bp）包含344 bp的5'端非编码区（5'-UTR）、954 bp的开放阅读框（ORF）及479 bp的3'端非编码区（3
南方农业学报 2021年11期2021-03-05
- 小白菜AMT1;2基因克隆、组织表达特性检测及功能验证
白进行生物信息学分析，采用实时荧光定量PCR检测BcAMT1;2基因组织表达模式，并在拟南芥中超表达该基因以验证其功能。【结果】克隆的BcAMT1;2基因cDNA序列全长为1539 bp，编码512个氨基酸残基，蛋白分子量为54.90 kD，理论等电点（pI）为8.03，无信号肽，有9个跨膜结构域，定位于细胞膜上，为稳定的两性蛋白。BcAMT1;2蛋白归属于AMT1亚家族，具有AMT1的特征结构域（DFAGSGVVHMVGGIAGLWGALIEGPR），与
南方农业学报 2021年11期2021-03-05
- 谷子MRP蛋白家族序列特征、分子进化及表达模式分析
员进行生物信息学分析；基于谷子谷穗有参转录组测序数据，分析谷子MRP家族成员表达模式。结果显示，谷子MRP蛋白家族成员共21个，在7号染色体分布最多，有8个基因；17个谷子MRP蛋白偏碱性和4个偏酸性，根据疏水值判断其均为亲水性蛋白；成员SiMRP7、SiMRP12基因的表达量与谷子组织中的总叶酸含量表现出协同降低的趋势，推测这两个蛋白可能对谷子叶酸的积累起到调控作用。本研究有助于进一步鉴定叶酸转运相关蛋白，为后续研究叶酸代谢途径及谷子基因挖掘提供了理论基
农学学报 2021年5期2021-02-03
- 高粱钾离子通道Shaker蛋白家族的鉴定及生物信息学分析
其进行生物信息学分析。结果表明，高粱中共鉴定到9个Shaker家族成员，共可分为5个亚族，且处于同一个亚族的基因结构以及蛋白质结构相似;亚细胞定位显示，这些成员均定位于细胞质膜上;共线性分析结果表明，高粱Shaker蛋白家族在禾本科的进化历程中相对保守;组织特异性及模拟干旱表达结果显示，Shaker成员具有明显的组织特异性与干旱应答差异。本研究有望为进一步研究高粱Shaker蛋白家族的生物学功能提供理论基础。关键词：高粱;Shaker家族;生物信息学分析中
山地农业生物学报 2021年5期2021-01-13
- 里氏木霉与黏绿木霉中非核糖体肽合成酶的生物信息学分析
性质;生物信息学分析中图分类号：S435.1文献标识码：A文章编号：1000-4440（2020）05-1119-07Abstract：In order to better analyze the differences of the key genes of secondary metabolites between Trichoderma reesei and Trichoderma virens， the secondary metabolite g
江苏农业学报 2020年5期2020-12-09
- 绵羊GP5基因的生物信息学分析
因进行生物信息学分析。结果表明，绵羊GP5基因序列中包含1个最大长度为1 620 bp的开放阅读框，推测其编码539个氨基酸，其中亮氨酸含量最多，为22.6%。GP5基因所编码的蛋白其相对分子质量约为59 305.38 KDa，理论等电点为9.40;亚细胞定位结果表明其主要位于内质网（44.4%）。GP5蛋白含有信号肽和跨膜螺旋结构，在二级结构预测中，该蛋白以无规卷曲为主，为70.14%。GP5蛋白三级结构主要由无规卷曲折叠缠绕形成，与二级结构预测结构一致
甘肃农业科技 2020年10期2020-11-30
- 绵羊HTR4基因的生物信息学分析
）进行生物信息学分析，以初步了解其结构并进行功能预测。结果表明，绵羊HTR4基因所含最大长度的开放阅读框为1 317 bp，编码438个氨基酸残基。HTR4基因编码的蛋白分子质量为49 437.09 KDa，理论等电点（pI）为8.32。亚细胞定位结果表明其编码产物主要定位于质膜（60.9%），且不属于分泌蛋白。HTR4蛋白不存在信号肽序列，存在7段跨膜结构且无低复杂性段区域，该蛋白的二级结构以α螺旋为主，且三级结构主要由α折叠缠绕形成。关键词：绵羊;HT
甘肃农业科技 2020年10期2020-11-30
- 贵州青钱柳膜结合转录因子CpMTF9的基因克隆及功能鉴定
克隆;生物信息学分析中图分类号：[Q37] 文献识别码：A 文章编号：2096-1073（2020）11-0054-55[Abstract] NAC transcription factors， as one of the largest transcription factor families in plants， amplify the regulatory signals step by st
现代农业研究 2020年11期2020-11-16
- 铁皮石斛鲨烯单加氧酶基因的克隆与表达分析
其进行生物信息学分析和不同营养生长期茎和叶中的表达模式分析。[方法]根据铁皮石斛转录组测序获得带5末端的SQE基因片段，设计DoSQEI与DoSQE2基因的3RACE引物，克隆全长eDNA，利用生物信息学分析软件对DoSQEl与DoSQE2基因及其编码蛋白序列进行分析。运用实时荧光定量PCR检测DoSQEl与DoSQE2基因在铁皮石斛营养生长期的8月、10月、12月茎和叶中的表达模式。[结果]DoSQEl基因cDNA序列全长1796bp（GenBank登录
福建农业学报 2020年5期2020-11-09
- 猪丹毒丝菌强毒株与弱毒疫苗株SpaA基因生物信息学分析
白进行生物信息学分析，并对比了猪丹毒丝菌弱毒菌株和野生强毒菌株间的差异。结果显示，由于猪丹毒丝菌GC42的SpaA蛋白缺少一段含有80个氨基酸的序列，使得该菌株的蛋白质相对分子质量、氨基酸组成、二级和三级结构与强毒株的SpaA蛋白质相比均有所差异，导致这2株菌株引发机体产生的免疫原性和抗原性强弱有所不同，推测这2株菌株中，SG7菌株的免疫原性相对GC42較强;GC42菌株的抗原性相对SG7菌株的抗原性来说较弱，而猪丹毒丝菌GC42菌株的毒力相对猪丹毒丝菌S
江苏农业科学 2020年17期2020-10-26
- 水曲柳FmPHV基因克隆及在形成层愈伤组织中的表达分析
HV。生物信息学分析表明，水曲柳FmPHV基因编码区全长为2 112 bp，包含有一个完整的开放阅读框，其编码了一个由703个氨基酸组成的蛋白。亚细胞定位预测其主要存在于叶绿体中，为稳定亲水蛋白。保守域及同源分析表明，FmPHV与油橄榄、芝麻和烟草等物种的同源蛋白保守结构域同源性高达99%。在低温4 ℃条件下，使用50 mg·L-1吲哚丁酸（IBA）溶液对水曲柳树皮进行处理，获得了水曲柳形成层细胞，并进一步诱导获得形成层愈伤组织。对FmPHV基因的时空表
广西植物 2020年7期2020-08-26
- 鹅掌楸AOX家族基因克隆与组织表达分析
克隆，生物信息学分析，组织表达中图分类号：Q943文献标识码：A文章编号：1000-3142（2020）07-0988-10Abstract：Alternative oxidase （AOX），a terminal oxidase located in respiration electron-transport pathway，which is widely existed in higher plants and closely related to
广西植物 2020年7期2020-08-26
- 芒果MiCOL6基因的克隆及其生物信息学和表达分析
L6。生物信息学分析显示，该基因编码226个氨基酸，分子量为26.88 kDa，等电点为4.85，属于亲水性的非分泌蛋白。保守结构域和进化树分析显示，该基因仅含1个CCT结构域，属于CO基因家族的第4组;二级结构分析表明，该蛋白主要以无规卷曲和α-螺旋为主;亚细胞定位预测显示该蛋白定位在细胞质膜上的概率最大;不同花发育时期表达模式分析表明，MiCOL6基因在杧果的花芽分化期表达量最高。本研究结果为进一步研究芒果MiCOL6基因在芒果中的功能提供理论基础。关
热带作物学报 2020年4期2020-08-06
- 烟草TIR-NBS基因家族的生物信息学分析
究通过生物信息学分析方法，从基因鉴定、染色体分布、基因结构、蛋白性质和结构、信号肽、亚细胞定位和顺式作用元件等方面，对烟草TIR-NBS基因家族进行了鉴定和分子特性分析。结果表明：烟草TIR-NBS基因家族含有30条成员，分布在21条染色体上，含有3～8个保守基序;编码蛋白均为不稳定蛋白，无信号肽，主要分布于细胞核、细胞质和叶绿体中，二级结构以α-螺旋和无规则卷曲为主要构成元件;进化时主要受纯化选择作用，与番茄的TIR-NBS基因亲缘关系最近;顺式作用元件
广西植物 2020年6期2020-07-30
- 大白菜GID1家族基因鉴定及表达模式分析
究采用生物信息学分析方法对大白菜基因组中GID1家族基因进行鉴定，并对该基因结构、染色体分布、系统进化以及表达模式等进行分析。结果表明，大白菜基因组中含有5个GID1家族成员，分别位于4、5、6、7、9号染色体上，各家族成员都只含有1个内含子。系统进化结果显示，单子叶和双子叶植物的GID1蛋白明显处于两个不同分支，大白菜GID1家族成员与拟南芥GID1具有更近的亲缘关系。通过表达模式以及启动子顺式响应元件分析发现，大白菜GID1基因不仅参与生长发育调控还可
山东农业科学 2020年3期2020-07-04
- 帕金森病关键基因及通路的筛选及其生物信息学分析
分析;生物信息学分析[中图分类号] R742.5 [文献标识码] A [文章编号] 1673-9701（2020）12-0001-04[Abstract] Objective To find out the differential genes and their key pathways by analyzing the gene microarray data of Parkinson's patients and
中国现代医生 2020年12期2020-07-04
- 8周有氧运动对小鼠骨骼肌microRNA表达的影响及其生物信息学分析
A进行生物信息学分析以发现其可能作用途径，为后续深入研究运动对骨骼肌产生影响的机制提供方向。研究方法：20只8周龄C57BL/6J小鼠随机分为安静组（C）和运动组（E）。运动组预适应训练一周后，采用坡度0°、12 m/min、60 min/天、5天/周、持续8周的有氧训练方案进行跑台训练。于训练48小时后采集小鼠腿部骨骼肌，并提取總RNA，采用miScript miRNA PCR Arrays检测骨骼肌miRNA的表达;采用DIANA-microT-CDS
山东体育学院学报 2020年2期2020-06-27